Более 20 лет углубленно занимается вопросами налогообложения компаний и граждан, а также проблемами инвестиционной деятельности, судопроизводства.
Как практик он защищал в арбитражных судах, Верховном Суде РФ, Конституционном Суде РФ права и интересы компаний в самых масштабных и значимых судебных спорах о законности доначислений налогов и штрафов, отмене несоответствующих законам актов Правительства РФ, министерств и ведомств, неконституционных положений законов, консультировал по вопросам налогообложения инвестиционной и текущей деятельности, организовывал и руководил крупномасштабными проектами, связанными с созданием производств, привлечением средств в бизнес и др.
В качестве эксперта Сергей Пепеляев неоднократно выступал в Конституционном и Высшем Арбитражном Судах Российской Федерации.
Имеет степень кандидата юридических наук, преподает в ведущих вузах России. Является главным редактором популярного научно-практического журнала «Налоговед». Член Попечительского Совета Фонда содействия музеям Московского Кремля. Лауреат юридической премии «Фемида». Федеральной палатой адвокатов Российской Федерации награжден медалью «За заслуги в защите прав и свобод граждан», серебряной медалью имени Ф.Н. Плевако. Ведущее рейтинговое агентство Chambers Europe неоднократно признавало Сергея Пепеляева лучшим налоговым юристом России — Band Star (абсолютный лидер).
Основатель и управляющий партнер ведущей российской юридической компании — «Пепеляев Групп», предоставляющей весь спектр правовых услуг. «Пепеляев Групп» является членом Международного объединения юридических фирм TerraLex и глобальной сети Taxand, объединяющей ведущих налоговых юристов из более чем 50 стран мира.
Постоянными клиентами «Пепеляев Групп» являются более 1000 крупнейших российских и иностранных компаний.